階梯式DNA序列搜尋演算法

Abstract

本論文提出一個可以供多重DNA 序列進 行共同區段之比對演算法，應用數值編碼之唯 一性及階梯步進式或區間跳躍式比對之法 則，增進共同區段之搜尋速度。演算法共分為 三個步驟：編碼、排序與搜尋，編碼階段負責 將DNA 鹼基轉換至數值空間集合，排序階段 採快速排序演算法完成排序相關動作，而搜尋 階段則依數列大小進行步進式比對或依比對 樣本長度進行數值區間最佳之均勻切割或位 元切割，以增加區間跳躍之機率並提升比對之 速度。實驗結果證明本演算法可以將傳統比對 所需之時間複雜度由O(mL (L − m +1) + i i mL (L − m + 1)) j j 降低至O(| I i | + | I j |)。