CG-SSR:跨物種比對平臺之SSR 資料庫

Abstract

簡單重複序列(simple sequence repeat, SSR) 指的是一段以2 ~ 6 個鹼基對做為重複單 位的DNA 片段，對於基因的調控網路扮 演了極為重要的角色，並且廣泛的應用在 基因體的相關研究。CG-SSR(comparative genomics database for SSR discovery)資料 庫提供使用者查詢各個模型生物的SSR 序列，並提供該SSR 與基因序列間精確的 相對及絕對位置資訊。然而電腦預測SSR 序列的結果仍舊是存有高度的偽陽性，因 此我們採用了比較基因體學的方法針對判 讀出的SSR 序列進行篩選，使用者可以自 由選定物種和標的物種進行比對，座落在 跨物種間保留區塊的SSR 才予以保留，此 方法明顯的提升了預測結果的精確度。 CG-SSR 資料庫提供友善的使用介面與服 務，每一筆SSR 資料都有詳盡且實用的資 料連結，充分的符合從事基因體研究者的 需求。